本發明提供一種基于腦部病理年齡估計的腦疾病檢測系統，包括圖像采集設備、實際年齡輸入設備、存儲器、預處理模塊、特征提取模塊、特征選擇模塊、腦部病理年齡估計模塊、參數優化模塊、分類識別模塊以及結果輸出模塊，存儲器設有VCI樣本數據庫、CTL樣本數據庫以及待測數據庫。其效果是：系統充分運用了腦磁共振圖像特征，結合樣本的實際年齡信息，通過大量樣本進行模型訓練，所得腦部病理年齡估計模塊能夠有效估計被測對象的腦部病理年齡，同時，將腦部病理年齡估計值與實際年齡的偏差作為補充信息，通過融合腦圖像信息，有效診斷被測對象是否患有腦疾病，整個系統原理明確，實現方便，對腦疾病的探測更具有科學依據，可靠度高，可行性強。