本發明公開了一種漁場水草自動清理系統，包括移動體、驅動裝置、切割裝置、采集裝置以及控制裝置，控制裝置具有處理器，采集裝置采集漁場水域以及其周圍部分陸域的圖像，并將該圖像輸送給處理器；處理器用于對該圖像進行處理，識別出水域及水草區域的坐標位置及面積，再根據水草區域的面積對其進行分割、組合或者保持不變，并在分割、組合或者原水草區域內生成清潔軌跡；處理器控制驅動裝置驅動移動體沿清潔軌跡進行清理；本發明還提供一種利用漁場水草自動清理系統進行自動清理的方法，這樣可有效地清除水域上漂浮的水草，打撈效率高可節省人力物力，提高了漁場的自動化水平。