本發明公開了一種能夠控制打孔深度及間距的多組合菌袋的打孔設備，涉及食用菌種植技術領域，解決了現有菌袋打孔設備無法滿足不同食用菌菌袋在打孔時對于打孔深度和打孔間距的不同要求，且不具備對打孔架進行及時清理功能，需要人工手動對打孔架進行清理的問題。一種能夠控制打孔深度及間距的多組合菌袋的打孔設備，包括有輸送機架、限位架、限位撥叉、復位彈簧、第一傳動輥、第二傳動輥、輸送帶和打孔機架等；所述輸送機架上固定安裝有兩對稱的限位架且限位架上開設有滑孔。本發明既能滿足不同類型菌袋在打孔時對于打孔深度和打孔間距的不同要求，同時又具備在打孔過程中對打孔桿進行及時清理的功能。